Giám mục Gauthier:

Tên Trường Tộ trước là linh mục. Từ khi thuyền Tây đến Gia Định thì phần nhiều kém đạo hạnh, lệch lạc ra ngoài phạm vi đạo trưởng, năng lui tới Tây soái tìm vui.[35]

Vũ Ngự Chiêu, Tiến sĩ sử học:

...Cuộc đời Nguyễn Trường Tộ phần lớn gồm những mẩu truyền kể khó kiểm chứng... Điều có thể kiểm chứng là Nguyễn Trường Tộ từng theo hầu Giám mục Gauthier (Ngô Gia Hậu), người cai quản giáo phận Xã Đoài (Nghệ An). Chi tiết thứ hai là Nguyễn Trường Tộ đã theo Gauthier lưu lạc qua Hong Kong, rồi trở lại Sài-gòn năm 1861 trên hạm đội của Charner.[36]

Theo GS. Nguyễn Huệ Chi thì:

Các bản điều trần của Nguyễn Trường Tộ đã nói lên rất rõ tấm lòng yêu nước thiết tha của ông. Ông tin tưởng vào triển vọng canh tân của Nhật Bản, đặt hết hy vọng vào thế hệ trẻ được đào tạo bằng thực nghiệp có thể làm mạnh thế nước... Tuy chưa có ý thức thay thế thể chế phong kiến bằng một thể chế dân chủ, bởi tình thế đất nước chưa có phép làm điều đó, nhưng tư tưởng của ông đã tiến rất gần các nhà tư tưởng tiến hóa luận của phương Tây. Có thể nói, ông đã gợi ra cho người lãnh đạo đất nước những cách nghĩ, cách nhìn cởi mở và táo bạo mà hàng thế kỷ về sau vẫn đáng để suy gẫm. Tóm lại, ông quả là một con người có trí thông minh, nhìn xa thấy rộng, có khả năng ứng dụng vào thực tế vốn liếng tri thức uyên bác cũng như những điều mình sở đắc. Tiếc thay, ông lại "sinh không gặp thời", do đó ông đã không thực sự đóng một vai trò nào trong lịch sử, ngoài vai trò "làm chứng về tấm lòng của một con người, về vận hội của một đất nước.

Về đóng góp cho văn học Việt, ông đã để lại một lối văn mang phong cách "chính luận - trữ tình": vừa phải đảm bảo sự chặt chẽ, sắt bén, khúc chiết trong phân tích (chịu ảnh hưởng khá rõ tư duy lôgic phương Tây); nhưng cũng vừa thấm đẫm cảm hứng trữ tình của tác giả (vì ông phơi trải hết lòng mình), nên có sức thuyết rất mạnh. Ngoài ra, ông còn để lại một số di cảo thơ. Nhìn chung thơ ông mang phong cách trữ tình khoáng đạt, và có thể chia thành hai mảng: những bài "tức cảnh, sinh tình" và những bài "Ngôn chí, tự tình"...[37]

Trích thêm ý kiến của nhà nghiên cứu Trần Bạch Đằng:

...Tôi không đi vào khía cạnh "đổi mới tư duy" mà ông kiên trì, tôi chỉ muốn nhấn mạnh những kiến nghị vì lợi ích của đất nước, mà với tư cách một tín đồ đạo Công giáo đang bị Triều đình ngược đãi, dân chúng nghi kỵ, ông không ngần ngại trình bày, hy vọng nhà vua đảo ngược thế cờ, chuyển nguy thành an, chuyển yếu thành mạnh, chuyển lạc hậu thành tiên tiến cho cả quốc gia, bấy giờ, đứng trước khả năng sụp đổ không phải khó thấy.

Nguyễn Trường Tộ là một trí thức - theo nghĩa gần với hiện đại. Phân tích kỹ các "điều trần", chúng ta dễ dàng phát hiện tính "không tưởng" ở một số chủ trương của Nguyễn Trường Tộ - Ông nóng vội và nhất là ông không biết cơ chế của triều Tự Đức không bao giờ cho phép suy nghĩ của ông trở thành hiện thực bởi chúng đụng đến bức tường lạc hậu kinh khủng về học vấn, về khoa học, sự mụ mẫm trong đầu các quan lại cao cấp, kể cả đấng chí tôn - nhưng ông vẫn không mệt mỏi. Tấm lòng yêu nước thúc đẩy ông. Ta quý Nguyễn Trường Tộ ở chỗ đó...[38]

Và của GS. Nguyễn Hữu Tá:

...Ở tuổi 30, Nguyễn Trường Tộ đã có một vốn kiến thức rộng và sâu cả về phương diện chính trị, kinh tế, văn hóa, khoa học kỹ thuật. Với tiềm lực chất xám rất quý như thế, nếu ông được tin dùng, được tạo điều kiện để hoạt động, tình thế có thể sẽ rất khác. Bi kịch của Nguyễn Trường Tộ, ngẫm ra là một nghịch lý khó tin nhưng có thật. Yêu nước nhưng không được giúp nước vượt qua đại họa ngoại xâm; thực sự có tài năng xuất chúng nhưng vấp phải vật cản quá lớn – sự trì trệ bảo thủ, dị ứng với chủ trương duy tân, tự cường của triều đình Tự Đức và sự nghi ngờ dai dẳng của họ với những người tin theo Công giáo.

Bi kịch lớn lao ấy bình thường ra có thể nhấn sâu những con người nặng lòng với đất nước vào tình trạng trầm cảm, u uất, bế tắc. Nhưng với Nguyễn Trường Tộ thì không. Ông đã bộc lộ một phẩm chất đáng tôn trọng: sự kiên trì nhẫn nại – nhẫn nại đến mức phi thường. Trong vòng 10 năm (1861 – 1871), Nguyễn Trường Tộ liên tục gửi đến vua Tự Đức và triều đình Huế rất nhiều bản điều trần. Riêng Linh mục Trương Bá Cần đã tập hợp được 58 bản và công bố trong tập Nguyễn Trường Tộ – con người và di thảo. Gửi mà không có hồi âm, nhưng lại tiếp tục gửi nữa. Đề tài không lặp lại, nội dung hết sức phong phú đề cập đến hầu hết những vấn đề chiến lược ở tầm "quốc sách"...[39]

Vinh danh Nguyễn Tường Tộ, tên ông được đặt cho nhiều trường học và đường phố tại Việt Nam.